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BIOLOGIA/ Nelle spugne il “segreto” delle proteine

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Analizzando circa 900 differenti strutture proteiche di diversa forma e grandezza attraverso gli “occhiali conoscitivi” forniti dalla topologia (le proteine sono considerate come reti in cui gli aminoacidi sono i nodi e i contatti fisici tra aminoacidi distanti sono gli spigoli) e dalla geometria frattale (le proteine sono immaginate come collanine variamente aggrovigliate) i ricercatori hanno dimostrato la fallacia del modello di proteina compatta e la sostanziale inesistenza del “core idrofobico”. Le proteine appaiono come spugne (con cui condividono importanti similitudini in termini di geometria frattale e quindi di distribuzione di porosità) che, proprio come le vere spugne, riescono a “gonfiarsi” creando quindi un reticolo di “acqua strutturata” che mette in comunicazione interno ed esterno, che si può immaginare come un primo indizio di una possibile “strutturazione generale” dell’ambiente cellulare.

Questo risultato apre molte vie alla speculazione, per cui potremmo immaginare una “rete di reazioni metaboliche” come supportata da una sorta di reticolo di tante proteine “tenute in comunicazione” dal solvente da loro stesse strutturato. Questo reticolo ammetterebbe una miriade di “possibili cammini” da attivare alla bisogna (rendendo così ragione della flessibilità delle costanti di reazione nei sistemi biologici). Da un diverso punto di vista, l’elevato livello di integrazione di un tale reticolo ci farebbe dubitare del fatto che ogni singolo gene (lo stampo per la sequenza di una particolare proteina) faccia “gioco a sé” nella storia evolutiva.

La scienza ha un gran bisogno di ritornare a porsi delle domande “generali” che coinvolgano la realtà profonda dei sistemi che studia per non annegare nell’auto-referenzialità: quello qui descritto è solo un piccolo esempio di ciò che si potrebbe fare anche a costi molto limitati. L’intera ricerca è stata infatti portata avanti con dati cristallografici di struttura disponibili gratuitamente sul web, elaborati con computer identici a quelli che abbiamo a casa; una buona strada per un Paese come l’Italia, ricchissimo di talento, ma un po’ in difficoltà quando si tratta di mettere su grandi e costose strutture di ricerca.

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