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AGRICOLTURA/ Mandarino, pomelo e cedro: gli antenati di tutti gli agrumi

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Dati di sequenziamento di nuova generazione nel nostro Istituto si utilizzano dal 2007 e in particolare l’Istituto di Genomica Applicata è stato il primo centro in Italia ad acquisire la tecnologia Illumina di sequenziamento nel 2008. Queste tecnologie hanno permesso un abbattimento dei costi e la velocizzazione delle procedure di sequenziamento, al punto tale che adesso è possibile sequenziare un genoma grande come quello degli agrumi in 24 ore.

Parallelamente alla mole di dati prodotta sono state eseguite analisi dati con sofisticate pipeline bioinformatiche, in collaborazione con gli altri partner del progetto, che hanno permesso di giungere alla costruzione dell’“albero genealogico” degli agrumi.

 

Il risultato delle ricerche quindi è stato la costruzione di un “albero genealogico” degli agrumi: ce lo descrive?

Ricerche precedenti avevano già permesso di individuare tre specie ancestrali come fonte primaria della diversità genetica presente negli agrumi ad oggi coltivati, a partire dalle quali con diversi incroci si sarebbero ottenute tutte le specie oggi coltivate. Le tre specie ancestrali sono mandarino, pomelo e cedro. Attraverso la ricostruzione di una sequenza di riferimento ad alta qualità del genoma di Citrus (ottenuta tramite il sequenziamento di una clementina) e il successivo ri-sequenziamento di diverse varietà di aranci e mandarini, è stato possibile ricostruire con un elevato grado di dettaglio come diversi incroci avvenuti fra le tre specie ancestrali abbiano portato all’ottenimento delle attuali specie coltivate: clementina, mandarino, arancio dolce ed arancio amaro. In realtà stiamo parlando di due delle tre specie ancestrali in quanto rimane ancora da esplorare la “discendenza” relativa al contributo di cedro, quella che ha dato origine a specie come note come il limone, il lime, la limetta e forse altri.

 



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