Il ruolo di Papa Eugenio VI nell’articolarsi del terzo episodio della fiction I Medici si rivela un ruolo di fondamentale importanza. Albizzi, infatti si trova in carcere accusato di tirannia nei confronti della città di Firenze e rischia di essere condannato a morte per la forte opposizione e i forti contrasti che i membri della Signoria hanno nei suoi confronti. Papa Eugenio VI, rifugiatosi a Firenze per i disordini avvenuti a Roma cerca di ribaltare la situazione, dopo aver visitato Albizzi in carcere si mette all’opera per cercare di liberarlo. Nonostante il parere contrario di Albizzi, Eugenio VI è deciso a farsi ospitare dalla famiglia Medici, che non costituisce un pericolo essendo sempre stata dalla parte della Chiesa. Cosimo de Medici, infatti, accoglie con grande onore il Pontefice mettendo a disposizione il meglio della sua casa, della sua cucina e del suo vestiario. Il Papa, cerca di intercedere con Cosimo in favore di Albizzi, chiedendone la grazia. Cosimo manifesta tutta la sua disponibilità a trovare una soluzione, ma è anche combattuto dal desiderio di vendetta nei confronti degli Albizzi, infatti dopo l’esilio solo con grande difficoltà è riuscito a rientrare e riassumere il potere. Cosimo, fa presente al Papa che solo attraverso una richiesta ufficiale di esilio firmata dal Papa, nella quale Albizzi dichiari di rinunciare ad ogni pretesa nei confronti di Firenze e a qualsiasi ruolo nella Signoria, sarà possibile convincere gli altri membri della Signoria ad oggi troppo ostili nei confronti di Albizzi. Il Papa manifesta il timore e la preoccupazione di vedere usate nei suoi confronti quelle dichiarazioni soprattutto per il fatto di favorire un soggetto accusato di tirannia nei confronti della città di Firenze, proprio in considerazione dei problemi che la città di Roma in quel momento sta vivendo. Tuttavia, il Papa si rende conto che l’unica soluzione per salvare Albizzi è quella di accettare la proposta di Cosimo, quindi redige un documento nel quale Albizzi si impegna ad allontanarsi per sempre da Firenze e a non pretendere più nulla dalla città, un esilio perpetuo dunque, tale documento viene personalmente firmato e sigillato dal Papa questo per suggellare l’impegno di Albizzi e per rassicurare la Signoria che non ci saranno problemi ed opposizioni. Cosimo De Medici e il Papa si recheranno in carcere da Albizzi che dopo un pò di titubanze e un piccolo scontro decide di firmare il documento. Alla riunione della Signoria il documento viene ufficialmente presentato da Cosimo che parlerà in favore dell’Albizzi per l’esilio, la Signoria voterà a favore e quindi quest’ultimo avrà salva la vita. Tuttavia le sventure dell’Albizzi non finiscono qua, infatti firmare questo documento per lui sarà come firmare la propria condanna a morte: in viaggio da Firenze col figlio viene assassinato dai quelli che erano i suoi mercenari. L’assassinio di Albizzi rimane un mistero da svelare, Cosimo, infatti, potrebbe aver deciso di consumare la tanto desiderata vendetta nei confronti del proprio acerrimo nemico, sfidando così Papa Eugenio VI. Il Pontefice come prenderà quindi questa notizia? Crederà all’innocenza di Cosimo o deciderà di reagire a questo affronto alla massima autorità della Chiesa?