MUTAZIONE COVID/ “Così ho scoperto la variante di Novara, un’incognita per i vaccini”

- int. Francesco Broccolo

La nuova mutazione, scoperta da Francesco Broccolo, a Novara, contiene un inconsueto mix di mutazioni note e ignote e potrebbe richiedere un adattamento dei vaccini

covid Coronavirus al microscopio (foto dal Web)

Una nuova variante del coronavirus è stata individuata in una donna a Novara. La mutazione, come chiarito dal responsabile della scoperta, il virologo Francesco Broccolo, comprenderebbe le caratteristiche delle varianti inglese e nigeriana, più quattro mutazioni finora non associate a nessuna variante nota. La variante, per le sue caratteristiche, potrebbe essere immunodominante e cambiare l’efficienza dei vaccini, come ha spiegato Francesco Broccolodocente di Microbiologia clinica nell’Università Milano-Bicocca, che in questa intervista ci racconta com’è avvenuta la scoperta e quali sono le sue implicazioni.

In primis, la necessità di dedicare maggiore attenzione al sequenziamento, la scoperta della variante è infatti avvenuta durante uno screening casuale su alcuni tamponi risultati positivi e non in una delle (ancora troppo ridotte) sessioni di sequenziamento effettuate nei laboratori delle singole Regioni con il coordinamento dell’Iss.

Professore, come avete scoperto la nuova variante, da lei ribattezzata “variante di Novara”?

È nato tutto da uno screening, il campione non era inizialmente sottoposto a sequenziamento, ma a uno screening con dei test che rilevano solo alcune mutazioni specifiche, le più importanti: la 501, la 487, la 417 e la delezione 6970.

Cosa avete visto?

Abbiamo visto che c’era una combinazione inconsueta, cioè una combinazione di queste mutazioni che non ci faceva capire di quale variante si trattasse fra quelle note. In genere, da queste mutazioni, in base alla combinazione, si riesce a capire di quale variante si tratta. In questo caso la combinazione era molto particolare. Non c’era la mutazione 501, ad esempio, che è sempre presente, non c’era la delezione 6970 e non c’era la mutazione 417, ma c’era la mutazione 484. Questa strana combinazione ci ha portato a sequenziare una regione della proteina Spike. Nel sequenziarla abbiamo visto che c’erano anche altre mutazione molto rare, come la 401, che era stata rilevata solo una volta in Italia.

Quindi lo avete scoperto con uno screening casuale?

Sì, non abbiamo cercato neanche molto, abbiamo analizzato una ventina di campioni. Di questi, 13 avevano la variante Uk, 1 aveva il virus nativo non mutato, 1 la variante sudafricana e l’ultimo, del tutto particolare, aveva appunto questa combinazione molto strana.

Una variante inconsueta che potrebbe cambiare l’efficacia dei vaccini, come lei ha già avuto modo di dichiarare?

Questo sarà da verificare con esperimenti di modelling ed esperimenti sull’isolato virale, se si riuscirà a isolarlo. Ho avanzato questo dubbio sui vaccini perché la mutazione 484, che è presente, è una mutazione critica, lo dimostrano le pubblicazioni scientifiche. È la stessa mutazione presente nella variante sudafricana, una mutazione in un sito che si definisce immunodominante.

Cioè?

Un sito al quale si legano gli anticorpi; se è mutato, gli anticorpi non riescono a legarsi. L’altra mutazione, la 417, non c’è, e questo è positivo, ma c’è la mutazione 401, che è molto vicina al sito di legame dell’anticorpo, cioè alla 417 appunto, quindi potrebbe dare fastidio all’aggancio dell’anticorpo stesso. Il sospetto è per il punto in cui si trova questa mutazione, ma è tutto da capire.

È una variante più virulenta?

La paziente al momento sta bene e non ha contagiato il marito, che ha fatto un tampone ed è risultato negativo. C’è da essere ottimisti, almeno da questo singolo caso possiamo dire che la variante non pare essere più virulenta. La paziente ha avuto sintomi molto lievi.

Cosa si fa quando s’individua una variante non nota?

Si sequenzia tutto il virus per vedere se sono presenti altre mutazioni in altre regioni del virus, lo stiamo facendo con la collaborazione dell’Università Federico II di Napoli, che mentre sequenzia il genoma del virus sta facendo anche uno studio del modelling, sta vedendo come cambia la struttura tridimensionale della proteina per poter ipotizzare una eventuale compromissione dell’efficacia dell’anticorpo.

E poi?

Poi in vitro si può valutare, sul virus coltivato, se il siero di un qualsiasi soggetto vaccinato riesce a neutralizzare il virus nella stessa maniera. Si chiama test di neutralizzazione. Oppure utilizziamo degli pseudovirus, virus artificiali che hanno la proteina S e su cui andiamo a mettere la mutazione nuova, la 401, per vedere se il siero di un vaccinato è efficace, cioè se neutralizza bene lo pseudovirus contenente la mutazione nuova che abbiamo scoperto.

Il sequenziamento sta funzionando in Italia?

Se ne fa veramente troppo poco, noi siamo in un progetto con l’Istituto Superiore di Sanità per cui ogni Regione ha scelto dei laboratori per sequenziare il 5% dei tamponi risultati positivi nell’arco di una giornata. Nell’arco di un intero mese però si fanno sequenziamenti sui tamponi di due sole giornate.

È stato riportato anche il primo caso di variante inglese in un gatto, peraltro sempre a Novara. Cosa ne pensa?

Venti giorni fa è uscito un lavoro su Cell che dimostra che la trasmissione delle varianti, in particolare si parlava della sudafricana, è favorita moltissimo nel topo. Sono stati testati vari animali domestici sono per vedere se s’infettavano con la variante sudafricana e si è visto che gli animali domestici non s’infettavano, ma s’infettava molto bene il topo, tanto che nell’articolo si concludeva che potrebbe accadere uno spillover al contrario.

Cioè?

Cioè l’uomo che infetta il roditore. Ma non deve accadere, il virus muterebbe molto di più e potrebbe anche diventare endemico, usando l’animale come “riserva”. È quello che accade col virus influenzale, che a un certo punto sparisce nell’uomo, ma poi torna a ottobre perché nel frattempo ha usato i volatili come serbatoio.

Nel caso del gatto?

Bisogna capire se il tampone è risultato debolmente positivo, allora potrebbe trattarsi solo di una contaminazione fra il padrone e il gatto. Nel contatto il padrone potrebbe aver contaminato il gatto con delle tracce di Rna. In questo caso non parliamo di una vera e propria infezione, ma di una contaminazione. Bisogna accertare che si tratti di una reale infezione, lo si può capire dalla carica virale.

Nei mesi passati si era già parlato di casi di positività negli animali domestici: in Uk, ad esempio, a luglio 2020 si parlò di un gatto domestico contagiato.

Si sono rivelati poi tutti casi di contaminazione, non di infezione. Basta che il padrone dia dei baci al gatto e nell’animale viene rilevata una positività, che però non indica appunto una reale infezione. È tutto da verificare, anche in questo caso.

(Emanuela Giacca)

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